沿革

1999年３月21日	第1回GID（性同一性障害）研究会　開催 1998年に埼玉医科大学において第1例目の性別適合手術が実施されたことを機に、形成外科教授の原科孝雄の呼びかけにより、1999年に第1回GID（性同一性障害）研究会が開催された。また研究会の発足に際して、初代理事長に原科孝雄が就任した。
2003年３月	第2代GID（性同一性障害）研究会理事長に大島俊之が就任弁護士でもあり、神戸学院大学教授、九州国際大学教授を歴任。法律家として性同一性障害特例法の成立に尽力。2016年2月19日に御逝去。
2006年３月	研究会から学会へ「GID（性同一性障害）研究会」から「GID（性同一性障害）学会」となる。
2008年3月	GID学会発足10周年記念事業第10回研究大会（康純会長）に合わせて、コールマン博士（アメリカ）、グリーン博士（イギリス）を招聘し、講演会を開催。
2008年12月	学会雑誌創刊 GID（性同一性障害）学会雑誌第１巻として、10年間の研究大会の抄録のすべてを収載した10周年記念誌「10年のあゆみ」を創刊した。創刊に際し、岡山大学に学会誌編集事務局を設置した。
2009年	手術療法，ホルモン療法の保険適用に向けての活動を開始厚生労働大臣等へ「FTM当事者の子宮・卵巣摘出術への健康保険の適用」を求めた要望書を提出した。以降、手術療法全体、またホルモン療法も加えて、健康保険適用の要望を続ける。
2011年6月	第3代GID（性同一性障害）学会理事長に中塚幹也が就任岡山大学ジェンダークリニック発足時のメンバー（産婦人科医）。編集委員会委員長としてGID（性同一性障害）学会雑誌を創刊。手術療法、ホルモン療法の保険適用などの課題に取り組む。
2015年	認定医制度の創設認定医制度を創設し、安全で有効な手術を行うことのできる診療拠点の拡大を推進。
2015年3月	第1回エキスパート研修会開催医師、医療スタッフ、教員など、専門職向けの研修会として、第1回エキスパート研修会を開催した。
2016年	認定施設基準の作成日本精神神経科学会、日本産科婦人科学会、日本泌尿器科学会、日本形成外科学会と連携し、認定施設の基準作りを行った。
2017年3月	第１回GID（性同一性障害）学会認定医資格試験を実施第19回研究大会（舛森直哉会長）に合わせて、札幌医科大学にて第１回GID学会認定医資格試験を実施した。
2017年	優秀演題賞の創設学術大会において、優秀演題を選考し、表彰することで研究活動を奨励する制度を創設。GID（性同一性障害）学会雑誌の受賞論文を掲載し、次の回の研究大会にて受賞講演をすることとした。
2018年３月	20周年記念大会の開催第20回研究大会（針間克己会長）において記念講演・シンポジウムを開催した。
2018年４月	手術療法が保険適用に安全かつ有効な手術を行う施設として認められたGID（性同一性障害）学会認定施設において実施される手術に対して保険適用が承認された。一方、ホルモン療法は自費診療のままのため、引き続き保険適用の実現に向けての活動を継続中である。
2021年4月	認定コーディネーター制度の創設メディカルスタッフを対象とした医療系コーディネーターと教育者を対象とした教育系コーディネーターの資格制度を創設し、診療拠点の拡大と充実、また、学校と医療の連携を推進。
2024年3月	学会名の変更「GID（性同一性障害）学会」から「日本GI（性別不合）学会」に名称変更。